中心组建于2018年11月，前身为原海军总医院，是集卫勤、医疗、教学、科研、保健于一体的医学中心。主要担负驻京海陆空三军101个体系单位6万余名军队人员和潜水、潜艇、航空兵等约1.8万余名海军特勤人员的医疗保障任务，以及5000余名师以上干部医疗保健任务。现设56个专业科室，包括高压氧科、神经外科、耳鼻喉科、眼科和空潜科5个国家临床重点专科，1个全军微创神经外科研究所，耳鼻喉、高压氧、航海航空医学和优生优育技术指导4个全军医学专科中心，腰椎间盘、结节病和视光学疾病3个全军医学专病中心，全军海战伤救治研究重点实验室和全军药理试验基地。
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