医院组建于2018年11月，以原南京军区南京总医院、原第八十一医院（含八十六临床部）、原第八十二医院（含一四九临床部）、原第三五九医院为基础，纳入驻宁及周边地区机关院校15家门诊部。医院医疗设备国际一流，拥有术中放疗机、“达芬奇”手术机器人、双源CT、射波刀、PET/CT等现代化医疗设备。推行“医院管理智能化、医疗信息数字化、机关办公自动化、卫勤保障精确化”，信息化水平全国一流，是全军首批数字化示范医院。处于国际领先的技术有：肾脏疾病一体化诊断治疗技术；肝肠脾多脏器联合移植（亚洲首例）；复杂性肾脏病的中西医结合治疗；脑垂体移植（国际首例）；小肠移植（亚洲首例）；肠外瘘的治疗等。
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