中心职能：开展卫生健康科技发展重大政策、战略和规划研究，为政府宏观决策提供支撑；承担国家卫生健康委委托的国家科技计划项目管理及其他相关职能；协助完善卫生健康领域科研管理支撑体系，为政府实施相关管理提供技术和管理支撑；开展卫生健康领域科技进步等相关交流、研讨、培训和科普等工作；推进卫生健康科技成果转移转化与产业化，开展卫生技术评估工作；开展卫生健康科技领域国际交流与合作；承办国家卫生健康委交办的其他事项。
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