首都医科大学校本部图书馆始建于1960年,藏书以生物、医药卫生类为主。图书馆每周自习空间开放112小时,借阅处开放84小时,实行开放式借阅服务。目前馆藏总量84.91万余册(件),纸质期刊杂志2280种,图书杂志藏书库8个共5649.7平方米;阅览座位1526个,自习阅览室3个共1562.2平方米,网络阅览室1个共151台计算机位,学术讨论室7个共990平方米,为师生提供了良好的阅读和学习的环境。
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