图书馆的前身是中科院图书馆上海分馆, 创建于1953年。图书馆是双方共建共有的，面向任何第三方开放的，非盈利的信息服务专业机构。图书馆既是中国科学院文献情报系统的上海中心，同时纳入上海市中心图书馆的建设规划体系。图书馆现设信息服务部、文献服务部、中国生物学文献数据库。
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