图书馆于1959年建校时同时建立，2000年原安徽省医药学校图书馆并入。经过五十多年的建设和发展，图书馆已成为服务中医药教学、科研、医疗，开展中医药学术研究交流的图书情报信息中心。现有中医药书库、线装书库、样本书库、外文书库、中文二线书库等各类书库和专业期刊阅览室、过期报纸阅览室等各类阅览室、电子阅览室、自修室等共计26个。此外，还建有安徽首家古籍修复室。拥有阅览座位800余个。目前馆藏各类纸质文献98.93万余册（含附属机构5万册）。现订阅中外文纸质期刊1100多种。
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