图书馆总建筑面积44，661平方米；截至2017年10月，图书馆拥有纸质文献246.93万册，电子图书210余万种，电子期刊3.8万种；拥有世界权威综合医学杂志、各医学学科外文核心期刊、电子图书、实验室指南、临床医师考试题库及手术视频、解剖图谱等数据库共67种；自建了南医院士文库、南医学位论文库、南医专业课程电子教材库、南医机构知识库和学科资源网等， 形成了以生物医学文献为重点，涵盖文、史、哲、政、经、法、教育、管理等学科的馆藏资源体系，基本实现了馆藏资源数字化的建设目标。
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