亚热带农业生态研究所创建于1978年，其前身为中国科学院长沙农业现代化研究所，2003年10月改为现名。亚热带生态所主要学科方向为亚热带复合农业生态系统生态学，下设农牧复合生态研究与畜禽健康养殖研究中心、作物耐逆境分子生态中心等两个研究中心，作为依托单位拥有畜禽养殖污染控制与资源化技术国家工程实验室、中国科学院亚热带农业生态过程重点实验室、农业生态工程湖南省重点实验室、动物营养生理与代谢过程湖南省重点实验室、湖南省畜禽健康养殖工程技术研究中心和广西石漠化治理工程技术研究中心，建有桃源农业生态系统观测研究站、环江喀斯特生态系统观测研究站、洞庭湖湿地生态系统观测研究站和长沙农业环境观测研究站。
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