南京天光所由原中国科学院南京天文仪器研制中心(前身为1958年成立的原中国科学院南京天文仪器厂)的科研部分和高技术镜面实验室于2001年4月组建而成。南京天光所拥有中国科学院天文光学技术重点实验室,另设有望远镜新技术研究室、天文光谱和高分辨成像技术研究室、太阳仪器研究室、镜面技术实验室、大口径光学技术研究室、望远镜工程中心和南极天文技术中心等科研部门,并建有主动光学、系外行星探测、自适应光学、激光光谱技术、恒星光干涉、光学镀膜、低温环境模拟等20多个专业实验室,拥有先进的实验条件、平台和装备。
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