中国科学院沈阳应用生态研究所成立于1954年，其前身为中国科学院林业土壤研究所，1987年更为现名，2001年成为国家知识创新工程试点单位，2015年成为中国科学院“生态文明建设”领域首批特色研究所试点单位。学科定位为以陆地生态系统为研究对象，以现代生态学为主攻学科，主要开展宏观生态学、系统生态学、实验生态学，生物工程与生物技术等领域的研究。沈阳生态所设有森林生态与林业生态工程研究中心、土壤生态与农业生态工程研究中心、污染生态与环境生态工程研究中心、景观生态与区域规划研究中心、生物资源与生物技术研究中心等五个研究中心。
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