上海巴斯德所于2004年10月11日揭牌成立，2005年7月开始运行，2007年7月23日获中央机构编制委员会办公室批复，是中科院唯一整建制从事人类传染性疾病基础研究和相关技术应用的综合性研究机构。自2017年开始，上海巴斯德所共建方变更为中国科学院和法国巴斯德研究所。2019年12月9日，中国科学院党组将上海巴斯德研究所正式纳入直属事业单位的管理序列。上海巴斯德所聚焦病原微生物基本生命活动规律、重大传染性疾病的致病机制等关键科学问题，推动病原学、免疫学和疫苗学知识创新与学科发展。以解决病原发现、生物治疗（抗体、疫苗等）、军民两用的共性瓶颈技术问题为着力点，重点为我国面临的公共卫生与生物安全提供科技支撑和解决方案。
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