青藏高原所于2003年成立。研究所实行北京部、拉萨部和昆明部的“一所三部”运行模式，还在加德满都、伊朗、塔吉克建有海外科学中心。研究所现有环境变化与地表过程、大陆碰撞与高原隆升、高寒生态与人类适应和三极观测与大数据4个研究中心，有环境变化与地表过程、大陆碰撞与高原隆升和高寒生态3个院重点实验室和1个国家青藏高原科学数据中心。拥有7个野外观测台站（中心），分别是纳木错多圈层、珠穆朗玛大气与环境、藏东南高山环境、阿里荒漠环境、慕士塔格西风带、那曲高寒气候环境等综合观测研究站和墨脱地球景观与地球系统综合观测研究中心。
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