中科院新疆分院成立于1957年7月30日，作为中国科学院在少数民族自治区设立的唯一一所分院，创立之初即定位为新疆经济、社会、科技发展服务。中科院新疆分院是中国科学院在新疆的派出机构，主要职能有：承办中科院交办的有关事务；协助中科院进行所在地区研究所领导班子建设；在授权范围内代表中国科学院与地方开展合作；为所在地区研究所提供服务。中科院新疆分院系统包括4个独立法人单位，即中科院新疆分院机关、新疆生态与地理研究所、新疆理化技术研究所、新疆天文台。现有国家级重点实验室2个（含培育），中科院重点实验室4个，自治区重点实验室8个，国家工程研究中心1个，国家工程技术研究中心1个，自治区工程技术研究中心6个，国家级野外台站3个，中科院级野外台站7个，国家级科普教育基地2个,海外研究基地4个、野外站12个。形成了十二个特色研究领域和方向：绿洲生态与绿洲农业，荒漠环境与生态修复，干旱区生物多样性，中亚成矿域与地质成矿，中亚自然资源与生态环境；资源化学、材料物理与化学、多语种信息技术、环境工程与技术；射电天文与技术、光学天文与技术应用、应用天文。
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